La casistica METABRIC di pazienti con tumore al seno, una ‘miniera d’oro’ di dati molecolari

È una vera miniera d’oro di dati, a cui oggi anche i ricercatori della Fondazione Michelangelo e Fondazione Gianni Bonadonna stanno attingendo: la casistica METABRIC di pazienti con tumore al seno è la più ampia a essere stata largamente caratterizzata a livello molecolare ed è perciò una fonte di informazioni preziose, generate dal laboratorio di Carlos Caldas al Cancer Research UK Cambridge Institute. Si tratta di una delle coorti più ampie dove la tecnologia di Imaging Mass Cytometry (IMC) recentemente messa a punto è stata applicata con successo allo studio dell’organizzazione spaziale e dell’eterogeneità del tumore e del suo microambiente a livello di singola cellula. Grazie a una fruttuosa collaborazione con Cambridge, la IMC si sta ora utilizzando su pazienti arruolati in uno studio clinico disegnato e condotto da Fondazione Michelangelo.
«METABRIC, con circa duemila pazienti per le quali sono state raccolte informazioni cliniche fino per vent’anni, è la coorte più grande di pazienti con tumore al seno con una caratterizzazione a livello molecolare: in confronto nel Cancer Genome Atlas, un programma internazionale che è un punto di riferimento nella genomica dei tumori, sono stati inclusi molti più tipi di tumori ma per il tumore al seno sono raccolti campioni da un migliaio di casi», spiega Maurizio Callari, Biologo Computazionale per Fondazione Michelangelo e Fondazione Gianni Bonadonna. Callari conosce bene METABRIC perché ha lavorato per sette anni al Cancer Research UK Cambridge Institute nel laboratorio del professor Caldas, dove la casistica è stata raccolta e caratterizzata: si sono ottenuti innumerevoli dati di caratterizzazione molecolare, espressione genica, profilo genomico. «I dataset ottenuti man mano sono sempre stati resi pubblici e sono liberamente accessibili su cBioPortal», dice Callari. «L’espressione genica e il profiling del numero di copie della coorte METABRIC è stata primariamente utilizzata per identificare e validare undici sottotipi di tumore diversi per caratteristiche molecolari e tassi di sopravvivenza. Quindi si sono generati i profili di microRNA, seguiti dall’identificazione di mutazioni somatiche in un pannello di geni tumorali. Più recentemente, sono stati pubblicati due studi su IMC e il profilo di metilazione del DNA. Di questi campioni sappiamo tantissimo e possiamo utilizzarli per valutare il ruolo di un gene target di interesse o per sviluppare modelli di predizione della sopravvivenza più complessi e sottotipo-specifici».
Il metodo dell’IMC, messo a punto e applicato dal dottor Raza Ali su METABRIC, si sta rivelando utile anche per le ricerche di Fondazione Michelangelo e Fondazione Gianni Bonadonna: «Stiamo collaborando proprio con Raza per ottenere dati simili nelle pazienti in trial della Fondazione, così da capire in un contesto clinico più specifico come questo tipo di analisi possa aiutare a individuare i meccanismi di risposta e resistenza alle terapie», osserva Callari. I primi risultati di questa collaborazione saranno presentati al prossimo San Antonio Breast Cancer Symposium.